Yeni Nesil Genomik Çalıştayı

Tarih: 24-26 Haziran 2019  
Yer: santralistanbul Kampüsü

İstanbul Bilgi Üniversitesi Genetik ve Biyomühendislik Bölümü tarafından düzenlenen çalıştay genomik uygulamalara giriş̧ yaparak gen ekspresyonu ve genomik varyasyonların analizi için yeni nesil sekanslamanın (NGS) kullanımına odaklanmaktadır. NGS verilerinin islenmesi için analitik iş akışları sunulacak ve öğrencilere temel istatistik, hesaplama ve biyoinformatik becerileri kazanma ve NGS verilerini islemek, analiz etmek ve yorumlamak için gereken analitik yaklaşımlara aşina olma fırsatı sağlanacaktır. 

Eğitmenler:  
Mohamed Hamed Fahmy PhD (University Medical School Rostock, Rostock, Almanya)  
Yvonne Gladbach, PhD Candidate (Heidelberg University, Heidelberg/ University Medical School Rostock, Rostock, Almanya) 
Özlem Ulucan Açan, PhD (İstanbul Bilgi Üniversitesi Genetik ve Biyomühendislik Bölümü)

Kimler katılabilir?
Bu çalıştay, Biyomühendislik, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Tıp, Biyoloji ve diğer ilişkili disiplinlerin lisans öğrencileri için hazırlanmıştır. Bununla birlikte, araştırmalarında NGS teknolojilerini ve ilgili biyoinformatik yöntemleri kullanmayı planlayan yüksek lisans, doktora öğrencileri ve araştırmacılar da memnuniyetle katılabilirler.

NGS teknolojilerine ve kullanım alanlarına aşinalık ve Unix/Linux ortamı ve R/Bioconductor ile ilgili sınırlı da olsa bir miktar tecrübe aranmaktadır.

Katılımcıların dizüstü bilgisayarlarını getirmelerine gerek yoktur; bilgisayar, gerekli yazılımlar ve analiz edilecek veriler BİLGİ tarafından sağlanacaktır.

Katılımcı sayısı 35 ile sınırlıdır. Katılımcılara eğitim sertifikası verilecektir.

Çalıştay Öğrenme Çıktıları:
Çalıştay sonunda katılımcılar;

• NGS verisinin kalite kontrolünde uygulanan prensipleri, NGS verilerinin referans genoma hizalanmasını, varyant çağrılması ve varyant anotasyonunu ve verideki mutasyonları belirlemek için kullanılan filtreleme stratejilerini tartışma becerisi kazanır.
• Temel RNA-seq veri analizini yapabilme ve bu analiz için gerekli yazılım paketlerine aşinalık kazanır.
• Varyant çağırma ve RNA-seq veri analizi için kullanılan iş akışlarına yönelik deneyim edinir. 

Eğitim dili: İngilizce

Son kayıt tarihi: 20 Haziran 2019

Kayıt ve ödeme için tıklayın. 

Ücret:
Öğrenciler: 850 TL (KDV dahil) 
Diğer: 1.750 TL (KDV dahil)

İletişim: bioeng@engr.bilgi.edu.tr / ozlem.ulucan@bilgi.edu.tr

PROGRAM: 
Toplam 21 Saat (6 saat ders + 15 saat uygulama)

24 Haziran 2019

09.00-10.00       Kahve & Kayıt 

10.00-10.15         Karşılama & Bilgilendirme 

10.15-11.00          Ders 1: NGS’ye Giriş
-Genom dizilemenin tarihi
-Dizileme teknolojileri/nesilleri
-Dizileme teknikleri (sentezleme ve ligasyon) 

11.00-11.15         Kahve arası 

11.15-12.00        Ders 2: NGS Planlama ve İş akışları
-NGS sınırları
-Deneysel planlama (Chip-seq, RNA-seq, WGS, miRNA-seq, Bi-sülfit dizileme,..etc)
-NGS deneysel kılavuz (10 temel kural)
-NGS analizi iş akışı
-NGS dosya formatları (.fasta, .fastq, .vcf, .sam,.bed)

12.00-13.00       Öğle yemeği

13.00-15.00       Uygulama 1: "Bash Betiği ve Samtools" 

15.00-17.00       Uygulama 2: "R’ye Giriş" 
(Temel R sentaksı, I/O işlemleri, veri çerçevelerini değiştirme ve veri görüntüleme: barplot, Venn diyagramı ve heatmap)

25 Haziran 2019

09.30-10.15       Ders 3: Tüm Genom/Ekzom Dizileme Analizi (WGS, WES)
-WGS ve WES’e giriş
-WGS/WES analizi iş akışı
-Kalite kontrolü
-Hizalama ve haritalama
-PCR tekrarlarının silinmesi 

10.15-10.30        Kahve arası 

10.30-12.00       Uygulama 3: "WGS/WES Önişleme" 

12.00-13.00       Öğle yemeği 

13.00-14.00       Ders 4: Akış Aşağı Varyant Analizleri
-SNP çağırma
-SNP anotasyonu
-Varyant analizleri ve mutasyon tipleri
-Veri görüntüleme 

14.00-17.00       Uygulama 4: "Akış aşağı WGS/WES analizleri" 

26 Haziran 2019 

09.00-10.00       Ders 5: RNA-seq
-Kodlama yapan ve kodlama yapmayan RNA'lara giriş
-RNA-seq ve miRNA-seq
-RNA-seq analizi iş akışı
-Kalite kontrolü
-Hizalama ve Haritalama
-PCR tekrarlarının silinmesi
-Transkript ekspresyonu miktar tayini 

10.00-10.30       Kahve arası 

10.30-12.00       Uygulama 5: "RNA-seq Önişleme" 

12.00-13.00       Öğle yemeği 

13.00-14.00       Ders 6: RNA-seq Akış Aşağı Analizi
-Diferansiyel ekspresyon analizi
-Fonksiyonel zenginleştirme analizi
-Veri görüntüleme 

14.00-17.00       Uygulama 6: "RNA-seq Verisinin Akış Aşağı Analizi"

17.00-17.30       Kapanış ve Geri Bildirim

Mohamed Hamed Fahmy PhD:
Mohamed Hamed, Almanya'da, Rostock Üniversitesi Tıp Merkezi'nde araştırma grubu lideridir. Bilgisayar bilimi, moleküler biyoloji, biyoinformatik ve veri analizi konularında zengin bir endüstriyel ve akademik deneyime sahiptir. İlgi alanları arasında sistem biyolojisi, ilaç kombinasyonu tahminleri, kanser genomiği, hassas tıp ve biyolojik veri entegrasyonu sayılabilir. Dr. Hamed, Kahire Üniversitesi, Sistemler ve Biyomedikal Mühendisliği lisans programını yüksek onur derecesiyle bitirdi. Akabinde, tam burs kazanarak Mısır Bilgi Teknolojileri Enstitüsü’nden Yazılım Mühendisliği diploması aldı. Dr. Hamed, ESRINEA için kurumsal BT çözümlerini geliştirmeye ve entegre etmeye odaklanan kıdemli bir ekip lideri olarak çalıştı. Yüksek lisans derecesini İngiltere'de Nottingham Üniversitesi Bilgisayar Bilimleri Okulundan ve doktora derecesini Saarland Üniversitesi (Almanya) Biyoinformatik Merkezi’nde almıştır. Uluslararası Hesaplamalı Biyoloji Derneği (ISCB), Alman Kök Hücre Ağı’nın (GSCN) aktif bir üyesidir ve Almanya Kuzey Ren-Vestfalya’da iki yılda bir yapılan Kök Hücre Biyoinformatiği Uydu Toplantısının organizatörüdür. Ayrıca Almanya’da yapılan 2. NGS Çalıştayı’nın (Dummerstorf, 2018) da organizatörlerinden biridir. Dr. Hamed, etki faktörü yüksek hakemli dergilerde çeşitli araştırma ve metodoloji makaleleri yayımladı. Birçok uluslararası konferans ve bilimsel etkinlikte açılış konuşmaları yapmak üzere davet edilmiştir.

Yvonne Gladbach, PhD Candidate:
Yvonne Saara Gladbach, Almanya Rostock Üniversitesi Tıp Fakültesi ile işbirliği içinde Heidelberg Üniversitesi'nde kıdemli bir doktora öğrencisidir. Doktora tezi, Akut Lenfoblastik Lösemi (ALL) için yeni ilaç hedeflerini öngörmede çoklu omik verilerinin birleştirilmesini kapsamaktadır. Ayrıca, birçok araştırma projesinde yer almakta, kolon kanseri ve Alzheimer hastalarında heterojen NGS veri setlerini analiz etmektedir. Yvonne Saara Gladbach, Yüksek lisans derecesini Saarland Üniversitesi Biyoinformatik Merkezi’nde geliştirdiği, bakteri izolatlarının otomatik karakterizasyonu sağlayan biyoinformatik iş akışı ile 2016 yılında aldı. Uzmanlık alanları, transkriptome dizileme, ChIP dizileme, tüm genom dizileme ve RNA dizileme gibi yeni nesil dizileme analizlerini içerir. Yvonne Saara Gladbach RNA Dizileme konusunda deneysel laboratuvar tecrübesine de sahip olup, ABD Cambridge’de Whitehead Biyomedikal Araştırma Enstitüsü Weinberg Laboratuarı'nda RNA dizileme teknikleri üzerine yoğun bir eğitim almıştır.

Özlem Ulucan Açan, PhD:
Dr. Ulucan Açan, 2017 yılında İstanbul Bilgi Üniversitesi Genetik ve Biyomühendislik bölümünde Doktor Öğretim Üyesi olarak çalışmaya başladı. Bilgi Üniversitesi'nden önce, Koç Üniversitesi Kimya ve Biyoloji Mühendisliği bölümünde araştırma görevlisi olarak çalışmıştır. Dr. Ulucan Açan, lisansını İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünden aldı. Yüksek lisansını Koç Üniversitesi'nde Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik bölümünde tamamladı. Doktora çalışmalarını Prof. Dr. Volkhard Helms’in grubunda, Saarland Üniversitesi'nde (Almanya) Biyoinformatik Merkezi'nde yaptı. Dr. Ulucan Açan biyomoleküllerin yapısı, dinamikleri, enerjileri ve etkileşimlerini incelemek için moleküler modelleme tekniklerini kullanmada 12 yıllık bir tecrübeye sahiptir. Son zamanlarda, istatistiksel öğrenme yaklaşımlarını kullanarak genomik ve transkriptomik veri analizi ve hastalık alt tiplerinin keşfi ile ilgilenmektedir. Son projesinde, etkili terapötik stratejileri daha iyi tanımlayabilmek için, gen ekspresyonu verilerini kullanarak, mide kanseri alt sınıflarını ve sınıfa özgü biyobelirteçleri bulmayı hedeflemektedir. Ayrıca, negatif immün kontrol noktası reseptörleri ile ligandları arasındaki etkileşimi, immün kontrol noktası ligandlarına etkili ve spesifik bir şekilde bağlanacak küçük moleküllerin keşfi üzerinde çalışmaktadır.