Araştırma

Araştırma

Biyoteknoloji
Moleküler Biyoloji ve Genetik
Immünoloji ve Kök Hücre Biyolojisi
Protein Mühendisliği
Sistem Biyolojisi
Metabolik Mühendisliği
Hesaplamalı Biyoloji
Biyoenformatik

Dr. Öğr. Üyesi Özgür Gül

Proje Başlığı: Selülozom gösteren Kluyveromyces marxianus kullanılarak birleştirilmiş biyosüreç ile biyoetanol üretiminin incelenmesi
Destek: TÜBİTAK 3501 215Z299
Süre: 2016-2019
Görev: Yürütücü

Proje Başlığı: Aflatoksin Algılaması için Kağıt Tabanlı Piyezorezistif MEMS Biyoalgılayıcı Tasarımı Ve Üretimi
Destek: TÜBİTAK 3501 117E236
Süre: 2018-2021
Görev: Araştırmacı

Dr. Öğr. Üyesi Hilal Taymaz Nikerel

Araştırma ilgim, temel olarak, sistem biyolojisi yaklaşımlarını kullanarak karmaşık biyolojik süreçlerin işlevini ve düzenlenmesini anlamaktır. Mikroorganizmanın mühendisliği ve fizyolojik, kinetik ve termodinamik kısıtlamalar dikkate alınarak büyüme koşullarının optimize edilmesi için hücresel mekanizmaların nicelleştirilmesi önemlidir. Şimdiye kadar karmaşık sistemleri anlamak için metabolomik, flaksomik, transkriptomik ve hücre içindeki lineer olmayan etkileşimlerine odaklandım. Metabolizma üzerindeki çeşitli müdahalelerin (ör., ilaç, substrat pertürbasyonları, genetik modifikasyonlar) etkisini anlamak için, bu gibi farklı seviyelerde -omik veriler genom boyutlu modeller yoluyla entegre edilmiştir. Şu andaki çalışmam, bu araçları interaktomik ve/veya proteomik bilgileri kapsayacak şekilde diğer –omik seviyelere daha da genişletmek ve birleştirmek üzerine yoğunlaşmaktadır. Böyle bir girişim deneysel çabalara ek olarak, multidisipliner ilerlemelerin kullanılmasıyla matematiksel modellerin oluşturulmasında teorik yöntemler geliştirmeyi gerektirmektedir.

TÜBİTAK 2232 (Proje No. 114C062), Proje Başlığı: Kemoterapi ilaçlarının hücre içi etkilerinin sistem biyolojisi yaklaşımları ve genom boyutlu modeller kullanılarak incelenmesi, 2014-2016 (Proje Yürütücüsü).

NCSB (Netherlands Consortium for Systems Biology) - NBIC (Netherlands Bioinformatics Centre), Proje Başlığı: Computational modeling approaches and fluxomics, 2010-2012 (Doktora sonrası araştırmacı).

Dr. Öğr. Üyesi Özlem Ulucan Acan

Dr. Ulucan, biyomoleküllerin yapı, dinamik, enerji ve etkileşimlerini incelemek için moleküler modelleme teknikleri kullanmaktadır. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı ile birlikte protein-protein ve protein-küçük molekül komplekslerinin yapısal ve enerjitik yönleri araştırmasının önemli bir bölümünü oluşturur. Bunun yanı sıra Dr. Ulucan genomik ve transkriptomik data analizi ve istatistiksel öğrenme yaklaşımlarını kullanarak hastalık alt tiplemesiyle ilgilenmektedir.

Proje başlığı: PDK1'de allosterik etkilerin belirlenmesi
Bu proje, Prof. Dr. Volkhard Helms (Bioinformatik Merkezi, Saarland Üniversitesi) ve Dr. Matthias Engel (Farmasötik ve Tıbbi Kimya, Saarland Üniversitesi) ile ortak olarak yürütülmektedir.

Proje başlığı: Baskılayıcı immün denetim noktalarını hedef alan anti-kanser ilaç tasarımı
Dr. Ulucan bu projede, bilgisayar destekli ilaç tasarımı yöntemlerini kullanarak, immün denetim noktası reseptörleri ile ligandları arasındaki etkileşimi hedeflemektedir. Bunu, immün denetim noktası ligandlarına etkili şekilde bağlanacak küçük moleküller tasarlayarak gerçekleştirmeyi planlamaktadır.

Proje başlığı: Mide kanserinin alt tiplemesi
Mide kanseri, dünyada en sık görülen beşinci malignite ve üçüncü ölüm nedenidir (723.000 ölüm, toplamda% 8.8). Diğer kanser türleri gibi, mide kanseri de çok sayıda genetik ve epigenetik değişiklikten kaynaklanan oldukça heterojen bir hastalıktır. Dr. Ulucan bu projede istatistiksel öğrenme metotlarını kullanarak mide kanserinin alt tiplerini bulmayı hedeflemektedir.

Dr. Öğr. Üyesi Sesil Çınar

Araştırma alanları temel olarak hesaplamalı biyokimya ve organik kimya üzerinedir. Üzerinde çalıştığı projeler, protein-ligand etkileşimlerinin ve mekanizmalarının incelenmesi için biyokimyasal tepkimelerin modellenmesi; biyokimyasal ve organik tepkimelerde stereoseçiciliğin aydınlatılması; diş dolgu maddelerinde kullanılmak üzere fotobaşlatıcıların sentezi; ilaç ve ilaç türevlerinin bozunma mekanizmaları ve ara ürünlerinin belirlenmesi; ilaç etken maddelerinde yapı-aktivite ilişkisinin belirlenmesidir.

Devam eden projeleri:
PAD2 enziminin kataliz mekanizmasının modellenmesi

Dr. Öğr. Üyesi Ali Deniz Dalgıç

Dr. Ali Deniz Dalgıç'ın araştırma alanları doku mühendisliği ve kontrollü ilaç salım sistemleri olarak iki ana başlıkta toplanabilir. Yapılan, doku mühendisliği uygulamalarına yönelik araştırmalar, yenilikçi hücre taşıyıcıların tasarlanması, üretimi ve üretilen taşıyıcının özelliklerinin karakterize edilmesi basamaklarını içerir. Bu güne kadarki araştırmaları, kemik, bağ ve deri doku mühendisliğine yönelik hücre taşıyıcıların üretilmesini kapsamaktadır. Bu çalışmalarda kullanılan temel tekniklerden bazıları; çeşitli elektroeğirme yöntemleri ile mikro-nano fiber üretimi, 3 boyutlu polimer hücre taşıyıcıların tasarlanması ve üretimi, kemik doku mühendisliğine yönelik iyon yüklü hidroksiapatit ve kemik çimentosu üretimi şeklinde sıralanabilir. Üretilen hücre taşıyıcılarda yenileyici İlaç yüklenme ve salım özellikleri de araştırılmaktadır. Kontrollü ilaç salım sistemleri üzerine yapılan araştırmalar, hedefli lipozom ilaç salım sistemleri ve mikro-nano küre ilaç salım sistemlerini kapsamaktadır. Bu çalışmalarda, ilaç yüklü lipozom ve küre taşıyıcılar üretilmekte, hedefleyici ajanlar ile birleştirilmekte ve karakterize edilen sistemlerin hedef hücreler ile etkileşimi incelenmektedir. Bu bağlamda hedefli/hedefsiz anti-kanser ilaç salım sistemleri ve kan beyin bariyerinin aşılmasını hedefleyen ilaç sistemleri üzerine çalışmalar yapılmıştır.

Dr. Öğr. Üyesi Gülşah Gül

Dr. Öğr. Üyesi Gülşah Gül'ün araştırmaları hesaplamalı ilaç tasarımı ve dağıtımı, nano-biyomalzemelerin yapı-özellik tahmini ve yumuşak malzeme sistemlerinin moleküler modellemesi ve simülasyonu üzerine odaklanmaktadır. Mevcut ilgi alanlarından bazıları nanopartiküllerin, polimerlerin ve proteinlerin sağlık ve sürdürülebilirlik alanlarındaki uygulamalarına dayanmaktadır. Bu bağlamda amaç, küçük moleküllerin kendi aralarında ve lipit çift katmanlarıyla etkileşimlerini ve kendi kendine bir araya gelme davranışlarını inceleyerek hücre içi sinyalleşme, hücresel alım ve toksisite mekanizmalarını anlamaktır. Teorik çalışmalar kurum içi veya dış işbirlikleri yoluyla yürütülen deneylerle tamamlanmaktadır.